La Facultad de Ingeniería Industrial y de Sistemas se caracteriza por su gran sentido innovador y permanente actualización científica y tecnológica, lo cual le permite formar profesionales de elevado nivel en sus respectivas especialidades, dotados de sólidos principios éticos, morales, culturales y de protección ambiental para enfrentar con éxito las exigencias del mundo moderno y contribuir con el desarrollo del país. Con este fin, se despliega permanentes esfuerzos para mantener al día el currículo y contar con las más modernas facilidades tecnológicas y de información, compatibles con nuestro compromiso de formar excelentes profesionales.

La Facultad de Ingeniería Industrial y de Sistemas nace en el año 1901 bajo el nombre de Sección de Ingeniería Industrial, siendo la tercera sección creada en la UNI. En 1937 cambia su nombre a Sección de Ingenieros Químicos Industriales y, en 1946, a Departamento de Ingeniería Química Industrial. 

El 23 de abril de 1959, el Consejo Universitario opta por nombrarla Facultad de Ingeniería Industrial, decisión que rige hasta 1969, año en que se crea el Sistema Departamentalista que crea los programas de Ingeniería Industrial y de Ingeniería de Sistemas.  

Posteriormente, en abril de 1984, regresa nuevamente el Sistema Facultativo, organizándose en dos escuela profesionales: Escuela Profesional de Ingeniería Industrial y Escuela Profesional de Ingeniería de Sistemas.

La Facultad de Ingeniería Industrial y de Sistemas cuenta con las siguientes especialidades en pregrado:

• Ingeniería Industrial
• Ingeniería de Sistemas
• Ingeniería de Software

A nivel de posgrado:

• Maestría en Ingeniería Industrial
• Maestría en Ingeniería de Sistemas
• Maestría en Inteligencia Artificial
   
• Doctorado en Ingeniería Industrial
• Doctorado en Ingeniería de Sistemas

Misión 

La FIIS-UNI es una Facultad de la Universidad Nacional de Ingeniería, orientada a formar personas íntegras y con dominio de sus diversas inteligencias, profesionales en las especialidades de Ingeniería Industrial e Ingeniería de Sistemas en los niveles de pregrado y posgrado, bajo normas de calidad de enseñanza nacional e internacional, imbuidos de una formación integral basada en una docencia e investigación transdisciplinaria, con pensamiento crítico y sistémico, con valores éticos humanistas y en armonía con el medio ambiente, a fin de contar con profesionales en ambas carreras provistos de alta sensibilidad social, identidad nacional y con capacidad para desenvolverse adecuadamente en una sociedad globalizada, altamente compleja, competitiva y dinámica.

Visión 

La FIIS-UNI al año 2025 formará a 5,000 personas con alto dominio de sus diversas inteligencias en las profesiones de Ingeniería Industrial e Ingeniería de Sistemas, con cargos importantes en organizaciones del Estado y del sector privado tanto en el Perú como en diversos países latinoamericanos. Dichas personas estarán formadas bajo los estándares de calidad nacional e internacional y capacitadas para desenvolverse adecuadamente en entornos globales, complejos, competitivos y dinámicos.